Początki Zakonu sięgają roku 1098. Wówczas to w Citeaux (w Burgundii koło Dijon) Robert z Molesmes założył Sacer Ordo Cisterciensis (skrót OCist.) - Zakon Cysterski, który ma swoje źróła w zakonie benedyktynów. Był odpowiedzią na potrzeby odnowy życia zakonnego w średniowiecznym Kościele. Istotą Zakonu jest odnowiona duchowość pierwotnej Reguły św. Benedykta z Nursji. 19.10.1100 r. papież Paschalis II zatwierdził Citeaux jako odrębny, odnowiony klasztor benedyktyński. W 1119 r. papież Kalikst II zatwierdził go jako Nowy Zakon. Cztery pierwsze filie wywodzące się z Cîteaux to klasztory powstałe tylko na terenie Francji: La Ferté (1113 r.), Pontigny (1114 r.), Clairvaux i Morimond (1115 r.). Z dwu ostatnich wywodzą się linie filiacyjne zakonów na ziemiach polskich. Swój największy rozwój duchowy zawdzięczają Cystersi głównemu mistykowi Zakonu - św. Bernardowi, późniejszemu opatowi Clairvaux (1112-1153).
Scentralizowana władza, zależność poszczególnych opactw i coroczne spotkania opatów na kapitule generalnej w Cîteaux (nowatorskie rozwiązania organizacyjne) stały się podstawą prężnego rozwoju przestrzennego Cystersów w całej Europie po 1120 r.: w 1123 r. - na terenie Niemiec; 1129 r. - na Wyspach Brytyjskich; 1131 r. - w Szwajcarii; 1132 r. w Belgii i Hiszpanii; 1135 r. - w Austrii; 1142 r. - w Irlandii. Pierwsze klasztory na terenie polskim powstały około 1153 r. To właśnie Zakon Cysterski stanowił jedną z pierwszych instytucji łączących zróżnicowaną Europę.
Możliwość wymiany poglądów oraz informacji z całego prawie kontynentu pozwalała poznać uwarunkowania działalności Cystersów w różnych krajach, a tym samym doskonalić formy zarządzania. Dzięki nowatorskim rozwiązaniom organizacyjnym już w XIII w. Cystersi posiadali prawie 742 opactwa. Były one rozsiane na terenach Europy objętych wpływami kultury łacińskiej, niezależnie od podziałów politycznych, etnicznych czy narodowych. Niezwykła ich pracowitość, przedsiębiorczość, zdolności organizacyjne; ciągłe udoskonalanie narzędzi pracy przyczyniły się, oprócz utrwalania wiary i rozpowszechniania kultu Maryjnego, do krzewienia rolnictwa, hodowli i rozwoju rzemiosła. Powstałe dzięki zagospodarowaniu nowych terenów nadwyżki produkcyjne spowodowały rozwój handlu, a tym samym gospodarki rynkowej.
Pierwotne zasady życia cysterskiego zostały wyłożone w Exordium Parvum i Carta Caritatis, w pismach Bernarda z Clervaux, a następnie konkretyzowane w statutach kapituł generalnych zakonu. Miłość, pokora oraz wierność ideałom monastycznym kształtowały postawę zakonną szarych mnichów. Surowość oraz prostotę w służbie Bogu i człowiekowi, poprzez modlitwę i pracę, odzwierciedla cysterska dewiza "ora et labora". Kształtowała ona również układ dnia mnichów, sposób zarządzania klasztorami i funkcjonowania gospodarczego opactw w ten sposób, by każde z nich było niezależne gospodarczo i w pełni zaspakajało potrzeby społeczności klasztornej. Zatem w cysterskich, żyznych dolinach uprawiano ziemię, hodowano zwierzęta i ryby oraz wszystkie te dary przetwarzano. Cystersi zajmowali się też rzemiosłem i handlem. Gromadzili liczne zbiory biblioteczne i rozwijali piśmiennictwo oraz kształcili się na uniwersytetach europejskich.
